生物土壤修復技術具有廣闊的應用前景，有明顯的優點，但也有其局限性，只有同物理和化學處理方法結合起來形成綜合處理技術，才能更好、更有效地修復土壤污染。

（1）生物修復的優點。生物修復是目前國際上公認的最安全的方法，具有如下優點：①高效性。有機污染物在自然界各種因素（如光解、水解等）作用下會降解，但速度相對緩慢，而生物修復的作用就是可以加速其降解，因而具有高效性的特點；②安全性。多數情況下，生物修復是自然作用過程的強化，生成的最終產物是CO2、水和脂肪酸等，不會導致二次污染或污染物的轉移，能將污染物徹底去除，使土壤的破壞和污染物的暴露降低到最小程度；③成本低。生物修復是所有修復技術中費用最低的，其成本約為焚燒處理的1/3~1/4；④應用范圍廣。生物修復能同時修復土壤和地下水的污染，特別是在其他技術難以應用的場地，如建筑物或公路下，利用生物修復技術也能順利進行。

（2）生物修復的局限。有機污染物的生物修復起步較晚，目前還存在如下不足：①受污染物種類和濃度的限制。某些生物只能降解特定的污染物，也就是說，一種生物不能降解所有種類的污染物，一旦污染物的種類、存在狀態或濃度等發生變化，生物修復能力便不能正常發揮，有機污染物濃度過高會抑制生物的活性，使生物降解無法正常進行；②受環境條件制約。溫度、濕度、pH及營養狀況也影響生物的生存，從而影響生物降解。環境因子對生物降解的影響很大，這也正是當前生物修復在實驗室研究較多，而實際應用較少的原因之一。③負作用。生物修復過程中使用的微生物可能會使地下水污染，也可能會引起植物病害，繁殖過量時會堵塞土壤的毛細孔，影響植物對土壤水分的吸收等；被降解的污染物生成的代謝產物的可能毒性、遷移性及生物可利用性等可能會加強，從而造成新的污染。